Na pierwszej konferencji prasowej, która odbyła się godzinę przed oficjalnym rozpoczęciem Zjazdu Gnieźnieńskiego poruszono temat likwidacji Funduszu Kościelnego. Kwestia ta od dłuższego czasu budzi wiele kontrowersji. Kościoły obawiają się, że w znacznym stopniu zostaną osłabione ich finanse, co może doprowadzić nawet do likwidacji małych parafii.
Zapowiedziana przez premiera w listopadzie 2011 roku likwidacja Funduszu Kościelnego cały czas jest głównym tematem rozmów pomiędzy polskim rządem a Kościołami. Duchowni są otwarci na dialog. Rząd proponuje rozwiązania, których efektów nie da się do końca przewidzieć. Zjazd Gnieźnieński dał możliwość przeprowadzenia rozmów na ten temat. W moim przekonaniu jest to początek bardzo ważnych rozmów, na które bardzo liczę dlatego, bo ten status dotychczasowy jest zupełnie nie do utrzymania – mówi abp Henryk Muszyński, Prymas Polski senior, przewodniczący Zjazdów Gnieźnieńskich. Jest to pozostałość z okresu komunistycznego, która trwa i jest zupełnie jednostronna. Ja się osobiście cieszę, że obydwie strony się spotykają i zaczynają rozmawiać i są konkretne propozycje z jednej i z drugiej strony. Jestem wolny od złudzeń, że to nie będą łatwe negocjacje, ale wierzę w dobrą wolę tych, którzy mają władzę decyzyjną. Jest to potrzebne dla dobra społecznego narodu. Mamy inne państwa, które były w tym samym bloku razem z nami i już mają dawno to uregulowane. Jesteśmy ostatnimi, którzy muszą to uregulować. Największą trudnością będzie dojście do jakiegoś kompromisu, który umożliwi kościołowi egzystencję w normalnych warunkach demokratycznych, niezależnie od polemiki, która jest krzywdząca w stosunku do Kościoła. Myślę tutaj o bardzo szeroko pojętej polemice antykościelnej. Kościół był, jest i zawsze będzie instytucją, która stawia określone wymagania etyczne, moralne i musi to robić, bo to jest wierność w stosunku do ewangelii. Natomiast to budzi dzisiaj gwałtowny sprzeciw, bo mentalność laicka jest diametralnie różna. W tym mamy gwałtowny atak na wartości, które reprezentuje Kościół. W pewnym sensie jest to w moim przekonaniu normalne dlatego, że kościół jest znakiem sprzeciwu wobec pewnych tendencji głęboko laickich, które zaczynają się od momentu kiedy nie szanuje się godności ludzkiej, człowieka, kiedy nie nazywa się rzeczy po imieniu. (…) Mówimy, że nie ma eutanazji. A teraz się mówi, używa się takich eufemizmów jak aborcja po narodzeniu. Proszę państwa to jest zabójstwo człowieka – bez względu czy to jest przed, czy po narodzeniu. Wiele osób uważa, że tego typu działania polskiego rządu to atak na Kościół. Ja nie jestem politykiem, więc nie polemizuję z politykami – dodaje Prymas senior. Patrzę na kościół i cieszę się, że rozmowy się rozpoczęły. W polityce każdy patrzy na własne interesy i działa w sposób, który ja nazywam partyjniactwem, czyli dla dobra własnej partii, a znacznie mniej dla dobra społecznego. Ja osobiście jestem zdania, że wierni powinni mieć prawo uczestniczenia, ale to wymaga pogłębienia świadomości, że my jako uczestnicy Kościoła mamy także obowiązek świadczyć na rzecz tego Kościoła. Oczywiście, że bardzo niedobrze byłoby gdyby odgórnie zadecydowano, narzucono jakąś formę, do której nie są przekonani. Prymas Polski Józef Kowalczyk powiedział, że politycy, którzy w minionych czasach prosili o pomoc, teraz kopią kościół. Ja nie jestem księdzem prymasem Józefem Kowalczykiem – dodaje abp. Henryk Muszyński. Są to mocne słowa i na pewno nie przypadkowe. Kościół prawosławny także wyraził swoje zdanie na temat likwidacji Funduszu Kościelnego. Nasze stanowisko jeszcze nie zostało opracowane – mówi abp Jeremiasz, prawosławny arcybiskup wrocławski i szczeciński, prezes Polskiej Rady Ekumenicznej. Najpierw musi być rozmowa i właśnie dzisiaj będzie spotkanie ministra Michała Boni z przedstawicielami kościołów członkowskich Polskiej Rady Ekumenicznej. Traktujemy to jako początek dyskusji. Trzeba mocno podkreślić, że na pewno należy przekształcić Fundusz Kościelny jako instytucję, która była narzucona Kościołom. Wychodzono z założenia, że Kościoły nie potrafią zarządzać swoim majątkiem. Trzeba to traktować jako pewien układ państwa, które ma jakąś ciągłość z Kościołami. Jeśli teraz wychodzi inicjatywa od jednej strony tego układu, to musi być dyskusja. Jeśli mówimy chociażby o dochodach z 1%, to zastosowanie do małych Kościołów będzie nieadekwatne w stosunku do utraconych nieruchomości i do potrzeb Kościołów. Małe Kościoły mają mniejszy potencjał finansowy i wówczas będzie trzeba zastanawiać się nad tym, czy Kościoły mają ograniczyć swoją działalność. Niektóre Kościoły mają bardzo rozbudowaną chociażby działalność opiekuńczą. Była ona w znacznym stopniu finansowana przez Kościół i dofinansowywana przez państwo. Gdy tych elementów zabraknie to trzeba zastanowić się co dalej i czy państwo potrafi wychować pokolenia tak, żeby były one ofiarne, serdeczne, zdolne do pracy na rzecz innych. I czy będzie w stanie utrzymać to z własnych środków. Tego typu działania będą w znacznym stopniu odczuwalne jeśli chodzi o emerytalne uposażenia duchownych. Duchowni z małych parafii nie zawsze mają lekcje religii, które są istotnym elementem w finansowaniu życia codziennego. Jeżeli dojdzie całkowity koszt ubezpieczenia zdrowotnego, wtedy pojawią się problemy i będzie trzeba je rozwiązywać. Trzeba zastanowić się czy państwo nie straci więcej niż zyska jeżeli Kościoły będą zmuszone do ograniczenia swojej działalności opiekuńczo-wychowawczej.